La ville s'est développée autour de l'ancien port grec devenu « Le Vieux-Port ». La topographie et le caractère marin des marseillais fit que les comtes de Provence eurent du mal à contrôler Marseille grâce à leur indépendance commerciale et au bénéfice en outre de l’eau pure de la source du Lacydon. Durant tout l’Antiquité et le Moyen Age la ville grecque de Massalia, la ville romaine de Massilia et la ville médiévale de Masiho se développèrent sur cette rive nord jusqu’à ce que Louis XIV en 1666 ordonne son agrandissement vers le sud. Il faut attendre Charles Ier d'Anjou pour que Marseille perde l'autonomie qu'elle avait acquise en rachetant les droits seigneuriaux aux vicomtes de Marseille. L’entrée du port allait désormais être gardée par deux forts, le fort Saint-Nicolas au Sud et le fort Saint-Jean au Nord.